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aoc:bdd_ridi
Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente | |||
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aoc:bdd_ridi [2016/06/21 09:00] Stéphanie Cheviron |
aoc:bdd_ridi [2016/06/21 16:43] (Version actuelle) Stéphanie Cheviron |
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| - | ===== Moteur de recherche pour séquençage ADN ===== | + | ====== Moteur de recherche pour séquençage ADN ====== |
| - | ==== L’ÉQUIPE DE RECHERCHE ET SON PROJET ==== | + | ===== L’ÉQUIPE DE RECHERCHE ET SON PROJET ===== |
| - | === • Porteur du projet === | + | ==== • Porteur du projet ==== |
| **Laurent Troxler**, bioinformaticien à l'UPR9022 du CNRS, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC) | **Laurent Troxler**, bioinformaticien à l'UPR9022 du CNRS, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC) | ||
| - | === • Membres de l'équipe de recherche et/ou projet === | + | ==== • Membres de l'équipe de recherche et/ou projet ==== |
| L'équipe de recherche de l'UPR9022 du CNRS, IBMC | L'équipe de recherche de l'UPR9022 du CNRS, IBMC | ||
| - | === • Le projet de recherche === | + | ==== • Le projet de recherche ==== |
| Ligne 26: | Ligne 26: | ||
| Les données analysées cherchent à mettre en rapport les génomes de la mouche, des virus, des bactéries selon le type de recherche effectuée. | Les données analysées cherchent à mettre en rapport les génomes de la mouche, des virus, des bactéries selon le type de recherche effectuée. | ||
| - | === • Objectifs du projet === | + | ==== • Objectifs du projet ==== |
| L'équipe de l'UPR9022 a besoin d'un moteur de recherche adossé à leurs données de séquençage ADN et de microarrays afin de tester et comparer des séquences ADN de la drosophile à des génomes d'organismes connus (drosophile, virus, bactéries, champignons, etc.) | L'équipe de l'UPR9022 a besoin d'un moteur de recherche adossé à leurs données de séquençage ADN et de microarrays afin de tester et comparer des séquences ADN de la drosophile à des génomes d'organismes connus (drosophile, virus, bactéries, champignons, etc.) | ||
| - | === • Financement du projet === | + | ==== • Financement du projet ==== |
| CNRS | CNRS | ||
| - | === • Type(s) et volume du corpus étudié === | + | ==== • Type(s) et volume du corpus étudié ==== |
| Génome de la drosophile | Génome de la drosophile | ||
| - | ==== LES DONNÉES DE LA RECHERCHE ==== | + | ===== LES DONNÉES DE LA RECHERCHE ===== |
| - | === • Types de données === | + | ==== • Types de données ==== |
| Ligne 64: | Ligne 64: | ||
| - | === • Périodicité actuelle de la mise à jour de la base === | + | ==== • Périodicité actuelle de la mise à jour de la base ==== |
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| - | === • Volumétrie des données === | + | ==== • Volumétrie des données ==== |
| Ligne 96: | Ligne 96: | ||
| Les bases de données de génomes utilisées de type [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/|GenBank]] sont rapatriées en local. Actuellement, l'ensemble de ces bases de données sur lesquelles Laurent Troxler travaille constitue un dossier de 27 Go. | Les bases de données de génomes utilisées de type [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/|GenBank]] sont rapatriées en local. Actuellement, l'ensemble de ces bases de données sur lesquelles Laurent Troxler travaille constitue un dossier de 27 Go. | ||
| - | === • Stockage actuel des données === | + | ==== • Stockage actuel des données ==== |
| Ligne 115: | Ligne 115: | ||
| L'équipe dépose désormais tout sur ce site. Lors de la soumission de la publication, il faut fournir le numéro GEO attribué aux données brutes et seuls les peer reviewers y ont accès. Les données brutes doivent être rendues publiques (au bout de trois ans maximum), mais aussi les données traitées si elles sont disponibles. | L'équipe dépose désormais tout sur ce site. Lors de la soumission de la publication, il faut fournir le numéro GEO attribué aux données brutes et seuls les peer reviewers y ont accès. Les données brutes doivent être rendues publiques (au bout de trois ans maximum), mais aussi les données traitées si elles sont disponibles. | ||
| - | === • Logiciels et sites utilisés / à disposition pour créer / gérer les données de la recherche === | + | ==== • Logiciels et sites utilisés / à disposition pour créer / gérer les données de la recherche ==== |
| Ligne 144: | Ligne 144: | ||
| Outil open source utilisé en bio-informatique pour visualiser des données issues de l'alignement de séquences ADN sous forme de « camemberts ». Il est utilisé à travers un pipeline mis en place par une thésarde de l'unité. Il produit un fichier au format HTML5 zoomable, lisible par tous les navigateurs internet modernes. | Outil open source utilisé en bio-informatique pour visualiser des données issues de l'alignement de séquences ADN sous forme de « camemberts ». Il est utilisé à travers un pipeline mis en place par une thésarde de l'unité. Il produit un fichier au format HTML5 zoomable, lisible par tous les navigateurs internet modernes. | ||
| - | ==== LES DÉMARCHES EFFECTUÉES AVANT AOC ==== | + | ===== LES DÉMARCHES EFFECTUÉES AVANT AOC ===== |
| Ligne 159: | Ligne 159: | ||
| déplacés font que l'outil n'est plus vraiment utilisé. | déplacés font que l'outil n'est plus vraiment utilisé. | ||
| - | ==== LE CONTEXTE JURIDIQUE ==== | + | ===== LE CONTEXTE JURIDIQUE ===== |
| - | === • Conventions de partenariat === | + | ==== • Conventions de partenariat ==== |
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| - | === • Licences (degré d'ouverture des données, restrictions éventuelles) === | + | ==== • Licences (degré d'ouverture des données, restrictions éventuelles) ==== |
| Le futur moteur de recherche devra être librement consultable par la communauté scientifique. On doit pouvoir choisir quelles données sont accessibles à tous et quelles autres sont d'accès restreint. Quel périmètre ? A définir (CNRS ? Strasbourg?) Voir stratégie au niveau du CNRS, qu'est ce qui est possible de faire ? | Le futur moteur de recherche devra être librement consultable par la communauté scientifique. On doit pouvoir choisir quelles données sont accessibles à tous et quelles autres sont d'accès restreint. Quel périmètre ? A définir (CNRS ? Strasbourg?) Voir stratégie au niveau du CNRS, qu'est ce qui est possible de faire ? | ||
| - | === • Droit d'exploitation et de reproduction d'images, sons, vidéos, etc. === | + | ==== • Droit d'exploitation et de reproduction d'images, sons, vidéos, etc. ==== |
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| - | ==== LA DÉFINITION DES BESOINS ==== | + | ===== LA DÉFINITION DES BESOINS ===== |
| - | === • Ressources techniques (logiciels, stockage, visualisation de données, etc.) === | + | ==== • Ressources techniques (logiciels, stockage, visualisation de données, etc.) ==== |
aoc/bdd_ridi.1466492438.txt.gz · Dernière modification: 2016/06/21 09:00 par Stéphanie Cheviron
